Umsatzsteuer bei Hochschulen – Hinweise des Bayerischen Landesamts für Steuern (Schreiben vom 22.04.2026, AZ. S 7107.2.1-163/6 St33)

Warum die umsatzsteuerliche Zuordnung jetzt den Weg weist

Das Bayerische Landesamt für Steuern zeigt mit seinem Schreiben vom 22.4.2026 zu Hochschulen, Universitäten und Universitätsklinika einen klaren Weg auf: Für die Umsatzsteuer zählt nicht nur, was eine Hochschule tut. Entscheidend ist auch, in welcher Rolle sie nach außen handelt.

Staatliche Hochschulen besitzen eine besondere Doppelstruktur. Sie handeln einerseits als staatliche Einrichtung. Daneben bestehen sie als rechtsfähige Personalkörperschaft des öffentlichen Rechts. Diese Janusköpfigkeit prägt Verträge, Rechnungen, Drittmittelprojekte, interne Verrechnungen und Kooperationen mit Kliniken. Über die weitere Frage, wann ein sog. Betrieb gewerblicher Art (kurz: BgA) anzunehmen ist und wie viele es davon gibt, äußert sich das Schreiben nicht.

Für Sie in der Verwaltung bedeutet das: Die steuerliche Beurteilung beginnt nicht erst in der Buchhaltung. Sie beginnt bereits beim Vertrag, beim Projektsetup, bei der Mittelverwendung und bei der Frage, welche Ressourcen zum Einsatz kommen.

Der erste Wegweiser: Wer tritt nach außen auf?

Das Bayerische Landesamt für Steuern stellt klar: Die Zuordnung richtet sich danach, wie die Hochschule im Rechts- und Wirtschaftsverkehr gegenüber Dritten auftritt.

Greift die Hochschule auf staatliche Haushaltsmittel, Personal, Liegenschaften oder andere staatliche Ressourcen zurück, handelt sie regelmäßig als staatliche Einrichtung in Vertretung des Freistaates Bayern. Das betrifft in der Praxis viele Verträge, Forschungsprojekte und Drittmittelvorhaben. Auch Auftragsforschung fällt regelmäßig in diesen Bereich, wenn staatliche Ressourcen mitwirken.

Der Körperschaftsbereich bleibt die Ausnahme. Er kommt nur in Betracht, wenn die Hochschule eigene Körperschaftsangelegenheiten wahrnimmt, ausschließlich eigenes Körperschaftsvermögen nutzt und nicht für den Freistaat auftritt.

Damit entsteht ein praktischer Prüfpfad:

• Welche Mittel fließen?
• Wessen Personal arbeitet?
• Welche Vermögensgegenstände nutzt das Projekt?
• Und welche Rolle nennt der Vertrag?

Diese Fragen ebnen den Weg zu einer belastbaren Einordnung.

Vertragsrubrum und Rechnung: Kleine Formulierungen mit großer Wirkung

Die Finanzverwaltung legt besonderes Gewicht auf die Offenlegung nach außen. Hochschulen sollen klar zeigen, ob sie als staatliche Einrichtung in Vertretung des Freistaates Bayern oder als Körperschaft des öffentlichen Rechts handeln.

Das betrifft vor allem Vertragsrubren. Sie wirken wie Wegweiser am Anfang eines Projekts. Stimmen sie nicht, entstehen später Folgefragen bei Rechnungen, Umsatzsteuer-Voranmeldungen, Vorsteuerabzug und Zuständigkeit.

Auch Rechnungen brauchen eine klare Zuordnung. Hochschulen können für verschiedene umsatzsteuerliche Unternehmen handeln – je nachdem, ob der staatliche Bereich oder das Körperschaftsvermögen betroffen ist. Deshalb sollte die Rechnung erkennen lassen, für welchen Bereich die Hochschule eine Leistung erbringt oder empfängt. In der Praxis reicht nach dem oben genannten Schreiben bei Leistungen an den staatlichen Bereich regelmäßig die Bezeichnung der Hochschule oder Universität zusammen mit der jeweiligen Umsatzsteuer-Identifikationsnummer. Durch die oben beschriebene Doppelstruktur hat jeder Bereich für sich eine eigene Steuernummer.

Für Verwaltungen heißt das: Vertragsmuster, Rechnungsvorlagen und Stammdaten sollten zusammenpassen. Recht, Drittmittel, Einkauf und Finanzbuchhaltung müssen denselben Weg nutzen.

Drittmittel und Forschung: Der Regelfall liegt im staatlichen Bereich

Für die Grundlagenforschung stellt das Schreiben einen wichtigen Zusammenhang her. Entstehen immaterielle Wirtschaftsgüter wie Patente, Designs oder andere Schutzrechte unter Einsatz staatlicher Mittel, gehört auch eine spätere entgeltliche Nutzungsüberlassung regelmäßig zum staatlichen Bereich. Die Lizenzierung bildet dann den letzten Schritt der Grundlagenforschung.

Auch Auftragsforschung und Drittmittelprojekte ordnet die Finanzverwaltung regelmäßig dem staatlichen Bereich zu, sobald staatliche Haushaltsmittel oder Ressourcen mitwirken. Nur wenn ausschließlich Körperschaftsmittel zum Einsatz kommen, weist der Weg in den Körperschaftsbereich.

Für Forschungsverwaltungen und Drittmittelstellen ist das besonders relevant. Die steuerliche Zuordnung sollte bereits bei Antrag, Bewilligung, Vertrag und Projektanlage geprüft werden. Sonst laufen Projektsteuerung und Steuerdeklaration auseinander.

Interne Leistungen: Nicht jede Verrechnung ist nur Verwaltungstechnik

Die Doppelstruktur kann auch innerhalb einer Hochschule umsatzsteuerliche Folgen auslösen. Der staatliche Bereich und der Körperschaftsbereich sind zwei verschiedene umsatzsteuerliche Unternehmer, zwischen denen ein umsatzsteuerpflichtiger Leistungsaustausch möglich ist.

Unentgeltliche Leistungen lösen nach dem Schreiben regelmäßig keine Umsatzsteuer aus. Das betrifft zum Beispiel Personaleinsätze, Gebäudenutzungen oder zentrale Einrichtungen, wenn hochschulrechtlich kein finanzieller Ausgleich vorgesehen ist. Tausch und tauschähnliche Geschäfte sind aber nicht erwähnt.

Anders sieht es aus, wenn ein Bereich dem anderen ausdrücklich ein Entgelt berechnet. Dann kann ein steuerbarer Leistungsaustausch entstehen. Ein Beispiel nennt das Schreiben bei der Vermietung eines Labors, wenn Gebäude und Ausstattung verschiedenen Bereichen zugeordnet sind und Entgelte weitergeleitet werden.

Für Controlling und Haushalt bedeutet das: Interne Verrechnungen brauchen eine steuerliche Sicht. Nicht jede Kostenweitergabe bleibt ohne Umsatzsteuerwirkung. Der richtige Weg führt über klare Leistungsbeschreibung, Zuordnung des Vermögens und Dokumentation des Entgelts.

Steuerliche Erfassung: Mehrere Steuernummern sind kein Sonderfall

Das Schreiben macht deutlich, dass eine Hochschule umsatzsteuerlich mindestens getrennt zu betrachten sein kann: als staatliche Einrichtung für den Freistaat Bayern und als eigene Körperschaft. Liegt unternehmerische Tätigkeit vor, entstehen für beide Bereiche eigene Erklärungspflichten. Auch Universitätsklinika werden eigenständig erfasst und benötigen ebenfalls eine eigene Steuernummer.

Für den staatlichen Bereich sieht das Umsatzsteuerrecht zudem die Möglichkeit vor, Organisationseinheiten zu bilden. Diese können eigene Rechte und Pflichten wahrnehmen. Untergeordnete Organisationseinheiten lassen sich durch dokumentierte Organisationsentscheidung bilden. Das kann etwa für den klinischen Bereich einer Medizinischen Fakultät oder für bestimmte Betriebe gewerblicher Art relevant sein.

Damit rückt Organisation in den Mittelpunkt. Verwaltungen sollten prüfen, ob ihre steuerliche Erfassung zur tatsächlichen Struktur passt. Das betrifft Steuernummern, Umsatzsteuer-Identifikationsnummern, Voranmeldungen, Zuständigkeiten, Workflows und interne Kontrollen.

Dezentrale Erfassung verlangt klare Prozesse

Die dezentrale Erfassung erleichtert die Verwaltung. Sie schafft aber keinen steuerlichen Vorteil. Das Schreiben nennt mehrere Folgen, die Verwaltungen im Blick behalten sollten.

Abrechnungen zwischen getrennt veranlagten Organisationseinheiten des Freistaates Bayern bleiben umsatzsteuerlich nicht steuerbare Innenumsätze. Gleichzeitig kann eine Korrektur des Vorsteuerabzugs nötig werden. Umsatzsteuer-Voranmeldungen sind grundsätzlich monatlich abzugeben. Die Kleinunternehmerregelung greift für einzelne Organisationseinheiten nicht isoliert. Auch Erwerbsschwellen und Meldepflichten sind streng zu prüfen.

Diese Punkte zeigen: Der Weg zur Rechtssicherheit führt über saubere Prozesse. Steuerfunktionen brauchen Informationen aus Einkauf, Drittmittelverwaltung, Personal, Klinikverwaltung und Controlling. Nur so lassen sich Meldungen vollständig und fristgerecht abgeben.

Universitätsklinika und Medizinische Fakultäten: Zusammenarbeit gezielt prüfen

Der Bereich der Hochschulmedizin wird gesondert behandelt. Universitätsklinika sind eigenständige Anstalten des öffentlichen Rechts. Sie arbeiten eng mit den Universitäten und Medizinischen Fakultäten zusammen.

Das Schreiben ordnet bestimmte Leistungen im Zusammenwirken von Universität und Universitätsklinikum unter weiteren Voraussetzungen als nicht steuerbar gem. § 2b Abs. 3 Nr. 1 UStG ein. Dazu zählen insbesondere Personalüberlassungen in beide Richtungen sowie die Übernahme der Personal- und Wirtschaftsverwaltung der Medizinischen Fakultät durch das Universitätsklinikum.

Auch bei Sachmitteln, Räumen und zentralen Einrichtungen kann ein nicht steuerbarer Umsatz vorliegen, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind. Bei Forschungsvorhaben im medizinischen Bereich zählt dagegen vor allem, wer im Außenverhältnis als Bewilligungsempfänger oder Leistender auftritt.

Für Verwaltungen folgt daraus ein klarer Handlungsauftrag: Kooperationen mit Kliniken brauchen steuerlich geprüfte Vertragswege. Rollen, Mittelströme, Personalgestellungen und Abrechnungen müssen zusammenpassen.

Lehrkrankenhäuser, Bibliotheken und Hochschulsport: Auch Alltagsthemen zählen

Das Schreiben zeigt, dass Umsatzsteuerfragen nicht nur große Forschungsprojekte betreffen. Auch typische Verwaltungsfelder spielen eine Rolle.

Bei Kooperationen mit Lehrkrankenhäusern können Leistungen im Zusammenhang mit Ausbildung und Lehre unter den Voraussetzungen des Umsatzsteuerrechts steuerfrei sein. Forschungsleistungen können als eng verbundene Nebenleistungen ebenfalls erfasst sein. Entgeltlose Personalüberlassungen lösen regelmäßig keinen steuerbaren Leistungsaustausch aus.

Bei Hochschulbibliotheken ordnet das Schreiben die praktische Umsetzung des Bibliotheksservice regelmäßig dem staatlichen Bereich zu, wenn staatliche Haushaltsmittel eingesetzt werden. Kostenverteilungen innerhalb der staatlichen Einrichtung bleiben dann Innenumsätze.

Beim Hochschulsport gilt ebenfalls: Die praktische Umsetzung unter Einsatz staatlicher Mittel gehört zum staatlichen Bereich. Unentgeltliche Angebote bleiben regelmäßig ohne Umsatzsteuerrelevanz. Teilnehmergebühren können unter bestimmten Voraussetzungen steuerbefreit sein.

Diese Beispiele machen deutlich: Der sichere Weg entsteht nicht durch Einzelfallwissen in einer Abteilung. Er entsteht durch ein gemeinsames Verständnis in der gesamten Verwaltung.

Zuwendungen, Stiftungen und Vermögen: Zuordnung bewusst gestalten

Bei Zuwendungen an Hochschulen besteht kein strikter Zuordnungszwang. Vermögensübertragungen durch einseitige Verfügung von Todes wegen fließen grundsätzlich an die Hochschule als Personalkörperschaft, sofern nichts anderes bestimmt wurde. Das gilt insbesondere für Stiftungsvermögen oder Vermächtnisse.

Bei Verträgen wie Schenkungsverträgen oder Erbverträgen kann die Hochschule dagegen auch als staatliche Einrichtung auftreten. Dann muss sie diese Rolle gegenüber dem Vertragspartner klar offenlegen.

Für Verwaltungen mit Stiftungs-, Vermögens- oder Fundraisingbezug ist das wichtig. Die Zuordnung wirkt in Vermögensverwaltung, Rechnungswesen und Steuerdeklaration fort. Der richtige Weg beginnt daher bereits bei Annahme, Vertragsgestaltung und Dokumentation der Zuwendung.

Was Verwaltungen jetzt prüfen sollten

Aus dem Schreiben ergeben sich mehrere praktische Handlungsfelder. Hochschulen und Forschungseinrichtungen sollten ihre Vertragsmuster prüfen. Sie sollten klare Rubren für den staatlichen Bereich und den Körperschaftsbereich verwenden. Sie sollten Rechnungsprozesse mit den steuerlichen Stammdaten abstimmen.

Drittmittelprojekte brauchen einen frühen Steuercheck. Das gilt besonders bei Auftragsforschung, Lizenzierung, Kooperationen mit Dritten und internationalem Bezug. Interne Leistungsverrechnungen sollten Sie darauf prüfen, ob sie echte Entgelte enthalten.

Auch die steuerliche Organisation verdient Aufmerksamkeit. Steuernummern, Umsatzsteuer-Identifikationsnummern, Organisationseinheiten und Meldepflichten müssen zur tatsächlichen Arbeitsteilung passen. In der Hochschulmedizin sollten Universität, Medizinische Fakultät und Universitätsklinikum gemeinsame Wege festlegen.

Als Rechtsanwälte, Steuerberater und Wirtschaftsprüfer begleiten wir solche Prozesse an der Schnittstelle von Recht, Steuern, Organisation und Prüfung. Wir helfen, die Richtung aufzuzeigen, Risiken früh zu erkennen und praxistaugliche Strukturen zu schaffen. So ebnen wir gemeinsam den Weg für Verträge, Prozesse und Deklarationen, die im Hochschulalltag funktionieren.

Kontaktieren Sie uns, wenn Sie den nächsten Schritt auf diesem Weg gehen möchten.

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