Steuerliche Zersplitterung der Universitätskliniken – wie viele BgAs braucht ein UK?

Wird das Klinikum als ein einheitlicher gemeinnütziger Betrieb gewerblicher Art (kurz BgA) „Krankenhaus“ eingeordnet, bleiben lediglich einzelne Tätigkeiten als steuerpflichtige wirtschaftliche Geschäftsbetriebe aus dem Zweckbetrieb auszuscheiden. Werden dagegen zahlreiche Einzel-BgA angenommen, droht nicht nur Körperschaftsteuer auf diese Einheiten. Die zusätzliche Kapitalertragsteuer auf den nicht den Rücklagen zugeführten Gewinn nach § 20 Abs. 1 Nr. 10 EStG wird zur echten Kostenbelastung.

Die BFH-Rechtsprechung gibt für eine „Ein-BgA-Sicht“ eigentlich durchaus gute Argumente: Sie erkennt die Gemeinnützigkeit öffentlich-rechtlicher Universitätskliniken grundsätzlich an und ordnet behandlungsnahe Leistungen wie Faktorpräparate oder Zytostatika dem Zweckbetrieb Krankenhaus zu.

Die Finanzbehörden prüfen aber derzeit bundesweit und koordiniert durch das Bundeszentralamt für Steuern diese Kriterien bei den Universitätsklinika, weil sie die rechtlichen Rahmenbedingungen für Unikliniken bundesländerübergreifend als vergleichbar ansehen und daher eine gleichlaufende steuerliche Handhabung anstreben. Sie erkennen Einzel-BgAs nicht mehr an. Das Bayerische Landesamt für Steuern hat sich hierzu geäußert und dabei auch zu typischen Tätigkeitsfeldern (Personalüberlassungen, Satzungserfordernis, Auftragsforschung, Anwendungsbeobachtung, Trennbarkeit von Tätigkeiten) Stellung genommen.

Zeitgleich hat das Landesamt ein Schreiben zur Besteuerung der Hochschulen veröffentlicht (siehe hierzu unser weiterer Artikel), so dass es nahe liegt, dass mit dem Ende des Optionszeitraums für § 2b UStG auch die Hochschulen etwas mehr in den Fokus der Betriebsprüfungen rücken werden.

Grundlegend auch für Hochschulen

Das Schreiben betrifft unmittelbar Universitätskliniken. Es wirkt aber auch darüber hinaus als Wegweiser für Hochschulen und Forschungseinrichtungen. Viele Einrichtungen verbinden hoheitliche Aufgaben mit wirtschaftlichen Tätigkeiten. Sie arbeiten mit Drittmitteln, erbringen Dienstleistungen, nutzen gemeinsame Infrastruktur und überlassen Personal. Genau an diesen Schnittstellen entstehen steuerliche, rechtliche, wirtschaftliche und organisatorische Handlungsfelder. Hierzu finden Sie in unserem Kompass einen gesonderten Bericht über das Schreiben des Bayerischen Landesamts für Steuern vom April 2026.

Die zweite Ebene: wo fängt ein gemeinnütziger BgA an und wo hört er auf?

Universitätskliniken sind regelmäßig rechtsfähige Anstalten des öffentlichen Rechts und nehmen neben der Krankenversorgung auch Aufgaben in Forschung, Lehre, Hochleistungsmedizin und öffentlichem Gesundheitswesen wahr. Der BFH hat ausdrücklich klargestellt, dass die Gemeinnützigkeitsbestimmungen auch auf die öffentliche Hand anwendbar sind, wenn diese über einen BgA in Wettbewerb zu Privaten tritt; genau das hat er für ein Universitätsklinikum in der Entscheidung V R 46/16 hervorgehoben. Damit ist für Universitätskliniken dogmatisch anerkannt: Ein gemeinnütziger BgA ist möglich.

Streit entsteht erst auf der zweiten Ebene, nämlich bei der Frage, ob das Klinikum als ein einheitlicher Krankenhaus-BgA zu erfassen ist oder ob einzelne Tätigkeiten – etwa Personalgestellungen, Nebentätigkeiten, Spezialambulanzen, Cafeterien, Parken, Labore, Apotheken- oder Servicebereiche – verselbständigt und als eigene BgA behandelt werden sollen. Die Körperschaftsteuer-Richtlinien lassen das offen: Sie führen einerseits aus, dass die Tätigkeiten der jPöR grundsätzlich getrennt zu beurteilen sind; andererseits können verschiedene wirtschaftliche Tätigkeiten eine Einheit bilden, wenn dies der Verkehrsauffassung entspricht.

Unklare Abgrenzung: Tätigkeitsbezug

Die Finanzverwaltung legt den Begriff BgA tätigkeitsbezogen aus. Gesetzliche Aufgaben nach den Universitätsklinikum-Gesetzen und Verordnungen nennen danach zulässige Tätigkeiten, definieren aber nicht einen festgelegten Umfang des BgA. Die Verwaltung knüpft den Begriff des BgA an wettbewerbsrelevante Tätigkeiten und differenziert zwischen Haupt-/Nebentätigkeiten, welche bei einem typischen Krankenhaus vorkommen. Die Annahme eines einzigen BgAs, der alle gesetzlich zugewiesenen Aufgaben bzw. alle nicht hoheitlichen Tätigkeiten umfasse, ist – entgegen der vielerorts langjährigen Übung – angesichts des tätigkeitsbezogenen Einrichtungsbegriffs grundsätzlich nicht möglich.

Die Verwaltung stellt jedoch selbst klar, dass keine Atomisierung von selbständigen BgA vorgenommen werden soll und zweifelt im Übrigen für eine Vielzahl von Tätigkeiten auch nicht allgemein an dem Bezug zur Kliniktätigkeit.

Die Zuordnung von Tätigkeiten zu einem oder mehreren steuerbegünstigten oder steuerpflichtigen BgA ist dabei der zentrale Punkt.

Das Gesamtbild ist entscheidend

Aus unserer Sicht ist das Universitätsklinikum steuerlich als einheitlicher gemeinnütziger Betrieb gewerblicher Art (BgA) „Krankenhaus“ zu behandeln. Maßgeblich ist nicht eine zergliedernde Betrachtung jeder einzelnen Teilfunktion, sondern die Frage, ob nach § 4 KStG eine funktionelle Einheit vorliegt; die Rechtsprechung und die Verwaltungsgrundsätze verlangen zwar eine tätigkeitsbezogene Prüfung, erlauben aber ausdrücklich die Behandlung mehrerer wirtschaftlicher Tätigkeiten als Einheit, wenn sie nach ihrem Gesamtbild zusammengehören.

Die gegenteilige Sicht der Finanzverwaltung, verschiedene Einzel-BgA zu bilden, überzeugt nicht:

• Erstens ist die BgA-Prüfung zwar tätigkeitsbezogen, aber gerade nicht atomisierend; die „Einrichtung“ i.S.d. § 4 KStG wird nach funktionalen, objektiv nachprüfbaren Kriterien bestimmt und nicht nach einer beliebigen Zerlegung des Klinikbetriebs.
• Zweitens begründet die gesetzliche Aufgabenbeschreibung des Universitätsklinikums zwar nicht automatisch den BgA-Umfang, sie spricht aber deutlich dafür, den Krankenhausbetrieb als zusammenhängende Einheit der Krankenversorgung, Hochleistungsmedizin und des öffentlichen Gesundheitswesens zu erfassen.
• Drittens wohnt der Verkehrsanschauung kein tragender Maßstab für eine einheitliche Rechtsanwendung inne; zu unterschiedlich mag die Wahrnehmung des jeweiligen Prüfers und der verantwortlichen vor Ort sein. Dies läuft aber dem Grundsatz der Gleichmäßigkeit der Besteuerung zuwider. Und schließlich wird die Möglichkeit der Steuerpflichtigen, BgAs zusammenzufassen, nicht ausreichend gewürdigt.

Auch die BFH-Rechtsprechung stützt die Ein-BgA-Sicht als eine Zersplitterung in mehrere BgA. Der BFH rechnet behandlungsnahe Leistungen wie die Abgabe von Faktorpräparaten und Zytostatika dem Zweckbetrieb „Krankenhaus“ zu und hat selbst bei problematischen Nebentätigkeiten – etwa der Personal- und Sachmittelgestellung an ermächtigte Ärzte – den Streit vorrangig als Abgrenzung zwischen steuerbefreitem Zweckbetrieb und steuerpflichtigem wirtschaftlichem Geschäftsbetrieb geführt, nicht aber zwingend als Aufspaltung in neue eigenständige BgA.

Fazit

Bei Universitätskliniken überzeugt die Sicht der Finanzverwaltung, den Klinikbetrieb in zahlreiche Einzel-BgA aufzuspalten, nicht. Zwar ist die BgA-Prüfung tätigkeitsbezogen; § 4 KStG und R 4.1 KStR verlangen aber keine atomisierende Zerlegung jeder Annexleistung. Sie lassen ausdrücklich zu, mehrere wirtschaftliche Tätigkeiten als eine funktionelle Einheit zu behandeln.

Verkehrsanschauung ist kein Ersatz für Tatbestandsmerkmale. Wer den BgA-Zuschnitt eines Universitätsklinikums im Wesentlichen nach „Verkehrsbild“ bestimmt, läuft Gefahr, gesetzliche Kriterien durch subjektive Eindrücke zu ersetzen. Im Steuerrecht kommt es aber nicht darauf an, wie ein Klinikbetrieb „wirkt“, sondern ob nach objektiven, funktional überprüfbaren Kriterien eine eigenständige wirtschaftliche Einrichtung vorliegt oder ob die betreffende Tätigkeit noch Teil der einheitlichen Krankenhausleistung ist.

Gerade beim Universitätsklinikum spricht deshalb viel dafür, den Krankenhausbetrieb mit allen weiteren Aufgaben als einheitlichen gemeinnützigen BgA zu erfassen. Der BFH hat krankenhaustypische, behandlungsnahe Leistungen wie die Abgabe von Faktorpräparaten durch ein Universitätsklinikum dem Zweckbetrieb „Krankenhaus“ zugeordnet und selbst in der Entscheidung zur Personal- und Sachmittelgestellung an ermächtigte Ärzte nicht zwingend neue BgA konstruiert, sondern den Streit vorrangig als Abgrenzung zwischen Zweckbetrieb und steuerpflichtigem wirtschaftlichem Geschäftsbetrieb geführt.

Der praktische Unterschied ist erheblich: Wird ein einheitlicher gemeinnütziger BgA anerkannt, bleibt es grundsätzlich bei der Struktur „steuerbefreiter BgA mit steuerpflichtigen wGB“; werden dagegen mehrere eigenständige nicht steuerbefreite BgA angenommen, droht neben der laufenden Körperschaftsteuer regelmäßig auch 15 % Kapitalertragsteuer auf den nicht den Rücklagen zugeführten Gewinn nach § 20 Abs. 1 Nr. 10 EStG.

Außerdem stellt sich beim Rechtstypenvergleich folgende Ungleichbehandlung: Betreibt eine gemeinnützige Krankenhaus‑gGmbH dieselbe steuerpflichtige Nebentätigkeit wie ein Universitätsklinikum, wird bei der gGmbH zwar der wirtschaftliche Geschäftsbetrieb besteuert; eine zusätzliche Kapitalertragsteuer nach § 20 Abs. 1 Nr. 10 EStG entsteht aber nicht schon wegen der bloßen Rechtsform.

Wird das Universitätsklinikum dagegen in mehrere nicht steuerbefreite BgA aufgespalten, kommt neben der laufenden Ertragsteuer regelmäßig eine zweite Belastungsebene hinzu: Auf den nicht den Rücklagen zugeführten Gewinn fällt nach der Verwaltungsauffassung zusätzlich 15 % Kapitalertragsteuer an.

Für die Beratungspraxis sollte deshalb gelten: Nicht jede wirtschaftlich abgrenzbare Teilfunktion eines Universitätsklinikums ist schon ein eigener BgA; entscheidend ist, ob sie nach ihrer funktionellen und medizinischen Einbindung noch Teil der einheitlichen Krankenhausleistung ist – oder ob sie den normativen Zusammenhang zum Zweckbetrieb tatsächlich verlässt.

Ist Ihr Universitätsklinikum oder Ihre Hochschule von einer steuerlichen Zersplitterung bedroht? Wir unterstützen Sie bei der Einordnung und Verteidigung Ihrer Struktur.

Sie möchten prüfen, ob Ihr Universitätsklinikum als einheitlicher gemeinnütziger BgA eingeordnet werden kann oder wie viele BgA in Ihrer Hochschule zu identifizieren sind? Sprechen Sie uns an.

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